Jan Baetens est l’auteur d’une vingtaine de livres de poésie. Il a également publié deux essais sur la poésie contemporaine : Pour en finir avec la poésie dite minimaliste et À voix haute. Poésie et lecture publique (Les Impressions Nouvelles). Son intérêt pour les rapports entre texte et images l’a conduit par ailleurs à consacrer de nombreuses études à la bande dessinée, au roman-photo, à la novellisation et à l’illustration en littérature. Son livre Hergé écrivain (Flammarion, coll. Champs) est devenu un classique du genre.
En 2002, il a publié aussi une anthologie remarquée de la poésie belge contemporaine : Les Belges sont à la mode (éd. P).
Il a reçu le prix triennal de poésie 2007 de la Communauté française de Belgique pour son recueil Cent fois sur le métier.